أثار كتابان عن الإسلام اعدهما مركز ابن خلدون للدراسات بالتعاون مع معهد "شينكر" الأمريكي جدلا واسعا مع الأزهر حيث يشكل الكتاب الأول الذي يسمي "الإسلام والإصلاح" ورشة عمل نظمها في تشرين الأول/أكتوبر 2004 مركز ابن خلدون الذي يضم مجموعة من المفكرين المصريين الليبراليين برئاسة سعد الدين إبراهيم الأستاذ المحاضر في الجامعة الأميركية في القاهرة.
شارك في ورشة العمل المصري جمال البنا، شقيق حسن البنا مؤسس جماعة الإخوان المسلمين، والتونسي رضوان المصمودي، والجنوب إفريقي إبراهيم موسى، والإيراني علي شريعتي والسوري محمد شحرور.
أما الكتاب الثاني وهو بعنوان "الإسلام والديموقراطية" فيضم مجموعة مقالات منشورة إلا أن الكتاب لم يصدر بعد. والهدف من الكتابين تقديم صورة جديدة عن الإسلام إلى طلاب أميركيين.
وجاء في البيان إن "مركز ابن خلدون لا يحتاج إلى تصريح من أي جهة لنشر هذين الكتابين، لان ما من احد يملك احتكار البحث باسم الإسلام والمركز لا يعترف برقيب على منشوراته سوى التزام العاملين فيه بالدقة العلمية واحترام ضميرهم المهني".
وكان سعد الدين إبراهيم سجن في سنة 2000 بعد إدانته "بالإساءة إلى صورة مصر في الخارج" وتم الإفراج عنه بضغط من الولايات المتحدة.
ويتعرض سعد الدين إبراهيم بصورة متكررة لانتقادات في الصحف الحكومية المصرية لعلاقاته المفترضة مع جهات أجنبية.
وقال عبد المعطي بيومي، مقرر لجنة الشؤون الدينية في مجلس الشعب المصري وعميد كلية أصول الدين في جامعة الأزهر إن هذا " تدخل في الشؤون الداخلية المصرية عبر المناهج التربوية الدينية لا يتماشى مع القانون الدولي ومخالف للعلاقات بين الدول، معربا عن خشيته انه يخشى أن "يحدث الكتابان رد فعل عنيف لان مؤلفيهما من المتشددين كما أن اتجاهات المركز علمانية".
