اعترف خالد شيخ محمد، العقل المدبر لهجمات 11 /ايلول/سبتمبر 2001، للمحققين الاميركيين بأنه ناقش لأول مرة مخطط الهجمات مع اسامة بن لادن عام 1996 وان المخطط الاولي كان يتضمن استخدام 10 طائرات تجارية ضد كل من الساحلين الشرق والغربي للولايات المتحدة، قبل ان يتم تعديله مرات عدة لاحقا
وكشف خالد شيخ المعتقل في مكان سري لدى الأميركيين، ان الخطط في المراحل الاخيرة، كانت تتضمن استخدام 22 شخصا و4 طائرات في الموجة الاولى، تتبعها موجة ثانية من عمليات خطف انتحارية تنفذها مجموعات مرتبطة بـ القاعدة في جنوب شرقي آسيا. لكن مع مرور الوقت تخلص بن لادن من أجزاء كثيرة من المخطط، بما في ذلك الهجمات ضد الساحلين وعمليات الخطف او التفجيرات ضد الطائرات في جنوب شرقي آسيا.
وحسبما افادت تقارير تحقيق اطلعت عليها وكالة اسوشييتد برس ولدى سؤاله عن السعودي عمر بيومي، الذي كان تقرير الكونغرس الاخير قد زعم انه ساعد الخاطفين خالد المحضار ونواف الحازمي عندما وصلا الى كاليفورنيا، قال خالد شيخ انه لم يسمع قط بهذا الرجل. ووصف خالد شيخ دور المحضار والحازمي بالمركزي في المخطط الذي يتجاوز ربما اهمية دور محمد عطا. وأكد خالد شيخ انه تحادث مع المحضار والحازمي عبر الانترنت عندما كانا في الولايات المتحدة. وقال أيضاً ان المحضار والحازمي كانا من بين الأربعة الأوائل الذين حددهم بن لادن لتنفيذ العمليات لانهما كانا الوحيدين، من بين الآخرين، اللذين تبحث عنهما السلطات الاميركية في الفترة التي سبقت الهجمات
وفي اعترافاته للمحققين، نفى خالد شيخ قيامه بعمليات تنسيق مع أي شخص على الأراضي الأمريكية لمساعدة المحضار والحازمي، قائلا "لم يكن لدى القاعدة أي عملاء أو نقاط اتصال في الولايات المتحدة لمساعدتهما."—(البوابة)—(مصادر متعددة)
