وذكرت مصادر مقربة ان "المرجعية تبدي قلقها من محاولة تزوير الانتخابات اثر ورود معلومات تفيد بان هناك محاولات ابرزها استخدام اقلام ستوزع داخل مراكز الاقتراع يتم مسح حبرها بعد مرور 12 الى 24 ساعة". واضاف "هناك مخاوف حقيقية لدى المرجعية، من حدوث تلاعب او تزوير في الاصوات".
وكان المرجع الشيعي الكبير آية الله علي السيستاني اعلن في 26 شباط/فبراير حياده وعدم دعمه اي جهة سياسية تخوض الانتخابات التشريعية، وذلك في اعقاب اتهام احد المراجع الخميس وزراء مقربين من رئيس الوزراء نوري المالكي بالفساد. وبعث مكتب السيستاني برسالة الى معتمديه في عموم المحافظات يجدد فيها تاكيده عدم دعمه اي جهة سياسية.
وقد اتهم آية الله بشير النجفي، احد المراجع الشيعية الاربعة، وزراء مقربين من المالكي قائلا "ضمت السلطة التشريعية كثيرا من المقصرين، كما شملت التنفيذية بعضا ممن خان الوطن والشعب وسرق المال واثار الطائفية في البلاد مثل وزير التربية (خضير الخزاعي)". واكد ان الخزاعي "ما يزال يصر على فرض حكم طائفة على اخرى في البلاد".
وقد قررت المرجعية الدينية "عدم استقبال الشخصيات السياسية في فترة الحملات الانتخابية (...) تاكيدا لموقفها القاضي بالحياد وعدم دعم قائمة انتخابية على حساب اخرى".
وقد لعب المراجع الاربعة وابرزهم السيستاني، دورا كبير في الانتخابات التشريعية العام 2005، عبر دعم الائتلاف العراقي الموحد، ممثل الشيعة انذاك، لتوليه قيادة البلاد.
